Photo images, 3D/CT data and mtDNA of the freshwater mussels (Bivalvia: Unionidae) in the Kyushu and Ryukyu Islands, Japan, with SEM/EDS analysis of the shell
最新バージョン Biodiversity Data Journal によって公開 2021/08/31 Biodiversity Data Journal

Photo images, 3D/CT data, mtDNA data, SEM images, and EDS elemental analysis of freshwater mussels that inhabit the Kyushu and Ryukyu Islands (61 individuals, nine species/subspecies) were published online in a local database (http://ffish.asia/Unionidae3D), GBIF (http://ipt.pensoft.net/resource?r=unionidae3d) and DDBJ/EMBL/Genbank (LC431810–LC431840).

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データ レコード

この オカレンス(観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、61 レコードが含まれています。

拡張データ テーブルは1 件存在しています。拡張レコードは、コアのレコードについての追加情報を提供するものです。 各拡張データ テーブル内のレコード数を以下に示します。

  • Occurrence (コア)
    61
  • Multimedia 
    183

この IPT はデータをアーカイブし、データ リポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、 ダウンロード セクションからダウンロードできます。 バージョン テーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。

ダウンロード

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DwC ファイルとしてのデータ ダウンロード 61 レコード English で (9 kB) - 更新頻度: unknown
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RTF ファイルとしてのメタデータ ダウンロード English で (12 kB)
バージョン

次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。

引用方法

研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Photo images, 3D/CT data and mtDNA of the freshwater mussels (Bivalvia: Unionidae) in the Kyushu and Ryukyu Islands, Japan, with SEM/EDS analysis of the shell

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は Biodiversity Data Journal。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: 6a6ba4bc-194e-47e0-a5d0-00d83b57109dが割り当てられています。   Participant Node Managers Committee によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているBiodiversity Data Journal が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

3D model; Anatomy; CT scan; Digital archiving; Elemental composition; Energy dispersive X-ray spectrometry (EDS); Freshwater mussels; Morphology; Open science; Scanning electron microscope (SEM); Shell exoskeleton;; Specimen

連絡先

リソースを作成した人:

Yuichi Kano
Associate Professor
Kyushu University
WEST2-1008, Kyushu University
8190395 Fukuoka-shi
Fukuoka
JP
http://ffish.asia

リソースに関する質問に答えることができる人:

Yuichi Kano
Associate Professor
Kyushu University
WEST2-1008, Kyushu University
8190395 Fukuoka-shi
Fukuoka
JP
http://ffish.asia

メタデータを記載した人:

Yuichi Kano
Associate Professor
Kyushu University
WEST2-1008, Kyushu University
8190395 Fukuoka-shi
Fukuoka
JP
http://ffish.asia

他に、リソースに関連付けられていた人:

論文著者
Yuichi Kano
Associate professor
Kyushu University
WEST2-1008, Kyushu University
8190395 Fukuoka-shi
Fukuoka
JP
http://ffish.asia
論文著者
Yoshihisa Kurita
Assistant professor
Kyushu University
Fukuoka
JP
論文著者
Kazuki Kanno
Doctoral course
Kyushu University
Fukuoka
JP
論文著者
Kengo Saito
Doctoral course
Kyushu University
Fukuoka
JP
論文著者
Hironori Hayashi
Assistant professor
Kyushu University
Fukuoka
JP
論文著者
Norio Onikura
Associate professor
Kyushu University
Fukuoka
JP
論文著者
Takeshi Yamasaki
General manager
Yamashina Institute for Ornithology, Japan
Chiba
JP
地理的範囲

Freshwater habitats of Kyushu and Ryukyu Islands, Japan.

座標(緯度経度) 南 西 [24.4, 124.2], 北 東 [33.8, 131.2]
生物分類学的範囲

All freshwater mussels (family Unionidae) distributed in the Kyushu and Ryukyu Islands were studied except Anemina arcaeformis, Hyriopsis schlegelii, and Sinanodonta sp. A shell exoskeleton that was photographically identified as A. arcaeformis was reported from Miyazaki Prefecture, Kyushu Island (Toayama and Nishi 2016), although all other details remain unclear. Hyriopsis schlegelii individuals were artificially introduced to Isahaya Bay for water purification (Ishizaki et al. 2007), even though H. schlegelii is non-native to Kyushu Island. Sinanodonta sp. (or spp.) populations were informally reported from the Ryukyu Islands, but some of the populations were likely introduced from Taiwan (Shokita 1984, Kurozumi 2003, Imai 2008).

Kingdom  Animalia (Animals)
Phylum  Mollusca (Molluscs)
Class  Bivalvia (Bivalves)
Order  Unionoida (Freshwater mussels and pearl mussels)
Family  Unionidae (Freshwater mussels)
Species  Cristaria tenuis ("Dobu-gai-modoki"),  Inversidens brandti ("Obaeboshi-gai"),  Inversiunio yanagawensis ("Nise-matsukasa-gai"),  Lanceolaria grayana ("Tongari-sasanoha-gai"),  Obovalis omiensis ("Kataha-gai"),  Pronodularia japanensis ("Matsukasa-gai"),  Sinanodonta lauta ("Numa-gai"),  Sinanodonta japonica ("Ta-gai")
Subspecies  Nodularia douglasiae nipponensis ("Ishi-gai")
時間的範囲
開始日 / 終了日 2013-12-21 / 2018-06-29
収集方法

Sampling sites of the nine freshwater mussel species in the Kyushu and Ryukyu Islands. The number attached to each circle indicates the number of individuals.

Study Extent Freshwater mussels were collected in the wild of the Kyushu and Ryukyu Islands, Japan.
Quality Control Identification followed Masuda and Uchiyama (2004), Kondo (2008) and Sano et al. (2017).

Method step description:

  1. Individual photo images were taken in the field (Kano and Nakajima 2014). The specimens were fixed in 10% formalin followed by preservation in 70% ethanol. A small segment of the soft body was cut off and separately preserved in 99% ethanol for mtDNA analysis. All specimens were CT scanned (Aloka Latheta LCT-200, Hitachi Ltd., Japan), and 3D surface models (CT value: −450 to 600) were extracted from the CT data. mtDNA analysis of 16S-rRNA was conducted for 31 individuals. For PCR amplification, we used the primer pair Unio16SFwd (forward: 5′-TGCCTGTTTACCAAAAACATCG-3′) and Unio16SRev (reverse: 5′-CTTGGGGTCCTTTCGTACA-3′). PCR amplification was performed in 10-µL reaction mixtures that contained 5 µL KAPA 2G™ Robust HotStart ReadyMix (Kapa Biosystems, USA), 1 µM of each primer, 1 µL DNA template, and 2 µL sterile deionised water. The reaction mixtures were preheated at 95°C for 3 min, followed by 30 amplification cycles (95°C for 15 s, 50°C for 15 s, and 72°C for 40 s) with a final 5-min extension at 72°C. Direct sequencing of the PCR products was conducted externally (FASMAC, Japan). The nucleotide sequences were deposited in DDBJ/EMBL/GenBank (accession numbers: LC431810–LC431840). The SEM/EDS analysis was conducted for 29 individuals. A shell fragment was cut off from each specimen (from the posterior part of the shell), and the inner side of the shell was analysed by SEM (JCM-6000, JEOL Ltd., Japan) to observe the microscopic images of the pearled surface. Furthermore, EDS analysis (JED-2300, JEOL Ltd.) was conducted to determine the elemental composition of the shell fragment by targeting B, C, N, O, F, Na, Mg, Al, Si, P, S, Cl, K and Ca.
追加のメタデータ
代替識別子 6a6ba4bc-194e-47e0-a5d0-00d83b57109d
http://ipt.pensoft.net/resource?r=unionidae3d