Registros biológicos

Photo images, 3D models and CT scanned data of loaches (Botiidae, Cobitidae and Nemacheilidae) of Japan

Última versión Publicado por Biodiversity Data Journal en 31 de agosto de 2021 Biodiversity Data Journal
Loach is one of the major cypriniform fishes in freshwater habitats of Japan, being recognized 23 described species/subspecies and 12 undescribed/undecides clades (Nakajima and Uchiyama 2017) (http://ffish.asia/loachesOfJapan). As well as molecular genetic research (Kitagawa et al. 2001a, Kitagawa et al. 2001b, Kitagawa et al. 2003a, Kitagawa et al. 2003b, Kitagawa et al. 2005, Suzawa 2006, Morishima et al. 2008, Saitoh et al. 2010, Kano et al. 2011, Miyazaki et al. 2011, Shimizu et al. 2011, Kano et al. 2012, Nakajima 2012, Nakajima 2016, Nakajima and Suzawa 2016, Nakajima and Uchiyama 2017), morphological examinations are needed for further development of loach study. Digital archiving of fish specimens is one of the progressive challenges in ichthyology for open science (Kanagawa Prefec... Más
Inicio:
Enlace
Fecha de publicación:
31 de agosto de 2021
Licencia:
CC-BY-NC 4.0

Descripción

Loach is one of the major cypriniform fishes in freshwater habitats of Japan, being recognized 23 described species/subspecies and 12 undescribed/undecides clades (Nakajima and Uchiyama 2017) (http://ffish.asia/loachesOfJapan). As well as molecular genetic research (Kitagawa et al. 2001a, Kitagawa et al. 2001b, Kitagawa et al. 2003a, Kitagawa et al. 2003b, Kitagawa et al. 2005, Suzawa 2006, Morishima et al. 2008, Saitoh et al. 2010, Kano et al. 2011, Miyazaki et al. 2011, Shimizu et al. 2011, Kano et al. 2012, Nakajima 2012, Nakajima 2016, Nakajima and Suzawa 2016, Nakajima and Uchiyama 2017), morphological examinations are needed for further development of loach study. Digital archiving of fish specimens is one of the progressive challenges in ichthyology for open science (Kanagawa Prefectural Museum of Natural History and National Museum of Nature and Science 1998, Berquist et al. 2012, Kano et al. 2013, Kano et al. 2016). This paper aimed to online publish photo images, 3D models and CT scanned data of all the known taxa/clades of loaches inhabiting in Japan (http://ffish.asia/loachesOfJapan3D) for the advances of loach study and ichthyology, and furthermore as a challenge of open science for public interests of biology.

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 103 registros.

también existen 1 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

  • Occurrence (core)
    103
  • Multimedia 
    309

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Descargas

Descargue la última versión de los datos como un Archivo Darwin Core (DwC-A) o los metadatos como EML o RTF:

Datos como un archivo DwC-A descargar 103 registros en Inglés (14 kB) - Frecuencia de actualización: irregular
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Metadatos como un archivo RTF descargar en Inglés (16 kB)

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Kano Y (2021): Photo images, 3D models and CT scanned data of loaches (Botiidae, Cobitidae and Nemacheilidae) of Japan. v1.9. Biodiversity Data Journal. Dataset/Occurrence. http://ipt.pensoft.net/resource?r=jp_loaches_3dct_models&v=1.9

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Biodiversity Data Journal. Este trabajo es licenciado bajo una licencia Creative Commons Atribución/Reconocimiento-NoComercial 4.0 Internacional.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 1570db97-7b8d-4f12-9c3b-10c731460ca6.  Biodiversity Data Journal publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Participant Node Managers Committee.

Palabras clave

3D model; Anatomy; Bone; CT scan; Digital archiving; Fish specimen; Freshwater fishes of Japan; GBIF; Holotype; Loach; Morphology; Open science; Paratype; Skeleton; Undescribed species; Inventorythematic

Datos externos

Los datos del recurso también están disponibles en otros formatos

loachesOfJapan http://ffish.asia/loachesOfJapan UTF-8 html; jpg
loachesOfJapan3D http://ffish.asia/loachesOfJapan3D UTF-8 html; Wavefront object format (.obj); CT dicom file (.dcm)

Contactos

¿Quién creó el recurso?:

Yuichi Kano

¿Quién puede resolver dudas acerca del recurso?:

Yuichi Kano

¿Quién documentó los metadatos?:

Yuichi Kano

¿Quién más está asociado con el recurso?:

Autor
Yuichi Kano
Autor
Jun Nakajima
Autor
Takeshi Yamasaki
Autor
Jyun-ichi Kitamura
Autor
Ryoichi Tabata

Cobertura geográfica

Inland water habitats of Japan.

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [23, 123], Latitud Máxima Longitud Máxima [46, 150]

Cobertura taxonómica

No hay descripción disponible

Reino  Animalia (Animals)
Filo  Chordata (Chordates)
Subfilo  Craniata (Vertebrat es and hagfishes)
Class  Osteichthyes (Bony fishes and tetrapods)
Orden  Cypriniformes (Carps, loaches, minnows and relatives)
Familia  Botiidae (Botiid loach),  Cobitidae (True loaches),  Nemacheilidae (Stone loaches)
Especie  Parabotia curtus ("Ayumodoki"),  Cobitis kaibarai ("Ariake-suji-shima-dojyô"),  Cobitis magnostriata ("Oogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis matsubarae ("Yamato-shima-dojyô"),  Cobitis sp. "yamato" complex Type A ("Yamato-shima-dojyô" (Type A)),  Cobitis sakahoko ("Oyodo-shima-dojyô"),  Cobitis shikokuensis ("Hina-ishi-dojyô"),  Cobitis sp. BIWAE type A ("Oo-shima-dojyô"),  Cobitis sp. BIWAE type B ("Nishi-shima-dojyô"),  Cobitis sp. BIWAE type C ("Higashi-shima-dojyô"),  Cobitis sp. BIWAE type D ("Tosas-shima-dojyô"),  Cobitis takatsuensis ("Ishi-dojyô"),  Cobitis takenoi ("Tango-suji-shima-dojyô"),  Misgurnus sp. (Clade A) ("Kita-dojyô"),  Misgurnus anguillicaudatus (Clade B1) ("Dojyô" (Japan clade)),  Misgurnus anguillicaudatus (Clade B2) ("Dojyô" (China clade)),  Misgurnus anguillicaudatus (jindai) ("Jindai-dojyô"),  Misgurnus sp. IR ("Shinobi-dojyô"),  Misgurnus sp. OK ("Hyoumon-dojyô"),  Misgurnus dabryanus ("Kara-dojyô"),  Niwaella delicata ("Ajime-dojyô"),  Barbatula oreas ("Fuku-dojyô"),  Lefua costata ("Hime-dojyô"),  Lefua echigonia ("Hotoke-dojyô"),  Lefua nikkonis ("Ezo-hotoke-dojyô"),  Lefua sp. 1 ("Nagare-hotoke-dojyô"),  Lefua sp. 2 ("Tôkai-nagare-hotoke-dojyô")
Subespecie  Cobitis minamorii minamorii ("San'yô-kogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis minamorii oumiensis ("Biwa-kogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis minamorii saninensis ("San'in-kogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis minamorii tokaiensis ("Tôkai-kogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis minamorii yodoensis ("Tôkai-kogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis striata fuchigamii ("Onga-suji-shima-dojyô"),  Cobitis striata hakataensis ("Hakata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis striata striata ("Chûgata-suji-shima-dojyô")

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 1954-06-06 / 2017-12-15

Datos del proyecto

No hay descripción disponible

Título N/A
Fuentes de Financiación This work was partially supported by JSPS KAKENHI Grant Number 18HP8029.

Personas asociadas al proyecto:

Métodos de muestreo

The specimens were generally captured by a hand-net in the fields.

Área de Estudio Specimens of loaches of Japan were collected from personal collections and museums.

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Photo images were taken in the fields by capturing individuals (Kano and Nakajima 2014) and/or by snorkeling. The formalin-fixed specimens were also photographed in the laboratory followed by CT scanning (Aloka Latheta LCT-200, Hitachi, Ltd.). 3D surface (CT value: -400 to -40) and skeletal (CT value: 5 to 200) models were extracted from the CT data. The CT data in raw file format was also stored and available on the web.

Datos de la colección

Nombre de la Colección JNC/JNCP (J. Nakajima's personal collection)
Nombre de la Colección KPM (Kanagawa Prefectural Museum of Natural History)
Nombre de la Colección LBM (Lake Biwa Museum)
Nombre de la Colección MPM/MPMQ (Mie Prefectural Museum)
Nombre de la Colección OMNH (Osaka Museum of Natural History)
Nombre de la Colección QUYK (Y. Kano's personal collection)
Nombre de la Colección TKPM (Tokushima Prefectural Museum)
Métodos de preservación de los ejemplares Formalina

Metadatos adicionales

Identificadores alternativos 1570db97-7b8d-4f12-9c3b-10c731460ca6
http://ipt.pensoft.net/resource?r=jp_loaches_3dct_models