説明
Loach is one of the major cypriniform fishes in freshwater habitats of Japan, being recognized 23 described species/subspecies and 12 undescribed/undecides clades (Nakajima and Uchiyama 2017) (http://ffish.asia/loachesOfJapan). As well as molecular genetic research (Kitagawa et al. 2001a, Kitagawa et al. 2001b, Kitagawa et al. 2003a, Kitagawa et al. 2003b, Kitagawa et al. 2005, Suzawa 2006, Morishima et al. 2008, Saitoh et al. 2010, Kano et al. 2011, Miyazaki et al. 2011, Shimizu et al. 2011, Kano et al. 2012, Nakajima 2012, Nakajima 2016, Nakajima and Suzawa 2016, Nakajima and Uchiyama 2017), morphological examinations are needed for further development of loach study. Digital archiving of fish specimens is one of the progressive challenges in ichthyology for open science (Kanagawa Prefectural Museum of Natural History and National Museum of Nature and Science 1998, Berquist et al. 2012, Kano et al. 2013, Kano et al. 2016). This paper aimed to online publish photo images, 3D models and CT scanned data of all the known taxa/clades of loaches inhabiting in Japan (http://ffish.asia/loachesOfJapan3D) for the advances of loach study and ichthyology, and furthermore as a challenge of open science for public interests of biology.
データ レコード
この オカレンス(観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、103 レコードが含まれています。
拡張データ テーブルは1 件存在しています。拡張レコードは、コアのレコードについての追加情報を提供するものです。 各拡張データ テーブル内のレコード数を以下に示します。
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Occurrence (コア)
103
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Multimedia
309
この IPT はデータをアーカイブし、データ リポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、 ダウンロード セクションからダウンロードできます。 バージョン テーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。
ダウンロード
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バージョン
次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。
引用方法
研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:
Kano Y (2021): Photo images, 3D models and CT scanned data of loaches (Botiidae, Cobitidae and Nemacheilidae) of Japan. v1.9. Biodiversity Data Journal. Dataset/Occurrence. http://ipt.pensoft.net/resource?r=jp_loaches_3dct_models&v=1.9
権利
研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:
パブリッシャーとライセンス保持者権利者は Biodiversity Data Journal。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.
GBIF登録
このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: 1570db97-7b8d-4f12-9c3b-10c731460ca6が割り当てられています。 Participant Node Managers Committee によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているBiodiversity Data Journal が、このリソースをパブリッシュしました。
キーワード
3D model; Anatomy; Bone; CT scan; Digital archiving; Fish specimen; Freshwater fishes of Japan; GBIF; Holotype; Loach; Morphology; Open science; Paratype; Skeleton; Undescribed species; Inventorythematic
外部データ
リソース データは他の形式で入手可能です。
loachesOfJapan | http://ffish.asia/loachesOfJapan UTF-8 html; jpg |
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loachesOfJapan3D | http://ffish.asia/loachesOfJapan3D UTF-8 html; Wavefront object format (.obj); CT dicom file (.dcm) |
連絡先
リソースを作成した人:
リソースに関する質問に答えることができる人:
メタデータを記載した人:
他に、リソースに関連付けられていた人:
地理的範囲
Inland water habitats of Japan.
座標(緯度経度) | 南 西 [23, 123], 北 東 [46, 150] |
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生物分類学的範囲
説明がありません
Kingdom | Animalia (Animals) |
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Phylum | Chordata (Chordates) |
Subphylum | Craniata (Vertebrat es and hagfishes) |
Class | Osteichthyes (Bony fishes and tetrapods) |
Order | Cypriniformes (Carps, loaches, minnows and relatives) |
Family | Botiidae (Botiid loach), Cobitidae (True loaches), Nemacheilidae (Stone loaches) |
Species | Parabotia curtus ("Ayumodoki"), Cobitis kaibarai ("Ariake-suji-shima-dojyô"), Cobitis magnostriata ("Oogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis matsubarae ("Yamato-shima-dojyô"), Cobitis sp. "yamato" complex Type A ("Yamato-shima-dojyô" (Type A)), Cobitis sakahoko ("Oyodo-shima-dojyô"), Cobitis shikokuensis ("Hina-ishi-dojyô"), Cobitis sp. BIWAE type A ("Oo-shima-dojyô"), Cobitis sp. BIWAE type B ("Nishi-shima-dojyô"), Cobitis sp. BIWAE type C ("Higashi-shima-dojyô"), Cobitis sp. BIWAE type D ("Tosas-shima-dojyô"), Cobitis takatsuensis ("Ishi-dojyô"), Cobitis takenoi ("Tango-suji-shima-dojyô"), Misgurnus sp. (Clade A) ("Kita-dojyô"), Misgurnus anguillicaudatus (Clade B1) ("Dojyô" (Japan clade)), Misgurnus anguillicaudatus (Clade B2) ("Dojyô" (China clade)), Misgurnus anguillicaudatus (jindai) ("Jindai-dojyô"), Misgurnus sp. IR ("Shinobi-dojyô"), Misgurnus sp. OK ("Hyoumon-dojyô"), Misgurnus dabryanus ("Kara-dojyô"), Niwaella delicata ("Ajime-dojyô"), Barbatula oreas ("Fuku-dojyô"), Lefua costata ("Hime-dojyô"), Lefua echigonia ("Hotoke-dojyô"), Lefua nikkonis ("Ezo-hotoke-dojyô"), Lefua sp. 1 ("Nagare-hotoke-dojyô"), Lefua sp. 2 ("Tôkai-nagare-hotoke-dojyô") |
Subspecies | Cobitis minamorii minamorii ("San'yô-kogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis minamorii oumiensis ("Biwa-kogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis minamorii saninensis ("San'in-kogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis minamorii tokaiensis ("Tôkai-kogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis minamorii yodoensis ("Tôkai-kogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis striata fuchigamii ("Onga-suji-shima-dojyô"), Cobitis striata hakataensis ("Hakata-suji-shima-dojyô"), Cobitis striata striata ("Chûgata-suji-shima-dojyô") |
時間的範囲
開始日 / 終了日 | 1954-06-06 / 2017-12-15 |
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プロジェクトデータ
説明がありません
タイトル | N/A |
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ファンデイング | This work was partially supported by JSPS KAKENHI Grant Number 18HP8029. |
プロジェクトに携わる要員:
収集方法
The specimens were generally captured by a hand-net in the fields.
Study Extent | Specimens of loaches of Japan were collected from personal collections and museums. |
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Method step description:
- Photo images were taken in the fields by capturing individuals (Kano and Nakajima 2014) and/or by snorkeling. The formalin-fixed specimens were also photographed in the laboratory followed by CT scanning (Aloka Latheta LCT-200, Hitachi, Ltd.). 3D surface (CT value: -400 to -40) and skeletal (CT value: 5 to 200) models were extracted from the CT data. The CT data in raw file format was also stored and available on the web.
コレクションデータ
コレクション名 | JNC/JNCP (J. Nakajima's personal collection) |
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コレクション名 | KPM (Kanagawa Prefectural Museum of Natural History) |
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コレクション名 | LBM (Lake Biwa Museum) |
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コレクション名 | MPM/MPMQ (Mie Prefectural Museum) |
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コレクション名 | OMNH (Osaka Museum of Natural History) |
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コレクション名 | QUYK (Y. Kano's personal collection) |
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コレクション名 | TKPM (Tokushima Prefectural Museum) |
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標本保存方法 | Formalin |
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追加のメタデータ
代替識別子 | 1570db97-7b8d-4f12-9c3b-10c731460ca6 |
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http://ipt.pensoft.net/resource?r=jp_loaches_3dct_models |