Photo images, 3D models and CT scanned data of loaches (Botiidae, Cobitidae and Nemacheilidae) of Japan
Loach is one of the major cypriniform fishes in freshwater habitats of Japan, being recognized 23 described species/subspecies and 12 undescribed/undecides clades (Nakajima and Uchiyama 2017) (http://ffish.asia/loachesOfJapan). As well as molecular genetic research (Kitagawa et al. 2001a, Kitagawa et al. 2001b, Kitagawa et al. 2003a, Kitagawa et al. 2003b, Kitagawa et al. 2005, Suzawa 2006, Morishima et al. 2008, Saitoh et al. 2010, Kano et al. 2011, Miyazaki et al. 2011, Shimizu et al. 2011, Kano et al. 2012, Nakajima 2012, Nakajima 2016, Nakajima and Suzawa 2016, Nakajima and Uchiyama 2017), morphological examinations are needed for further development of loach study. Digital archiving of fish specimens is one of the progressive challenges in ichthyology for open science (Kanagawa Prefectural Museum of Natural History and National Museum of Nature and Science 1998, Berquist et al. 2012, Kano et al. 2013, Kano et al. 2016). This paper aimed to online publish photo images, 3D models and CT scanned data of all the known taxa/clades of loaches inhabiting in Japan (http://ffish.asia/loachesOfJapan3D) for the advances of loach study and ichthyology, and furthermore as a challenge of open science for public interests of biology.
Registros de Dados
Os dados deste recurso de ocorrência foram publicados como um Darwin Core Archive (DwC-A), que é o formato padronizado para compartilhamento de dados de biodiversidade como um conjunto de uma ou mais tabelas de dados. A tabela de dados do núcleo contém 103 registros.
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- Multimedia
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Como citar
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Kano Y (2021): Photo images, 3D models and CT scanned data of loaches (Botiidae, Cobitidae and Nemacheilidae) of Japan. v1.9. Biodiversity Data Journal. Dataset/Occurrence. http://ipt.pensoft.net/resource?r=jp_loaches_3dct_models&v=1.9
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O editor e o detentor dos direitos deste trabalho é Biodiversity Data Journal. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.
GBIF Registration
Este recurso foi registrado no GBIF e atribuído ao seguinte GBIF UUID: 1570db97-7b8d-4f12-9c3b-10c731460ca6. Biodiversity Data Journal publica este recurso, e está registrado no GBIF como um publicador de dados aprovado por Participant Node Managers Committee.
Palavras-chave
3D model; Anatomy; Bone; CT scan; Digital archiving; Fish specimen; Freshwater fishes of Japan; GBIF; Holotype; Loach; Morphology; Open science; Paratype; Skeleton; Undescribed species; Inventorythematic
Dados externos
Os dados de recurso também estão disponíveis em outros formatos
| loachesOfJapan | http://ffish.asia/loachesOfJapan UTF-8 html; jpg |
|---|---|
| loachesOfJapan3D | http://ffish.asia/loachesOfJapan3D UTF-8 html; Wavefront object format (.obj); CT dicom file (.dcm) |
Contatos
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Cobertura Geográfica
Inland water habitats of Japan.
| Coordenadas delimitadoras | Sul Oeste [23, 123], Norte Leste [46, 150] |
|---|
Cobertura Taxonômica
Nenhuma descrição disponível
| Reino | Animalia (Animals) |
|---|---|
| Filo | Chordata (Chordates) |
| Subfilo | Craniata (Vertebrat es and hagfishes) |
| Class | Osteichthyes (Bony fishes and tetrapods) |
| Ordem | Cypriniformes (Carps, loaches, minnows and relatives) |
| Família | Botiidae (Botiid loach), Cobitidae (True loaches), Nemacheilidae (Stone loaches) |
| Espécie | Parabotia curtus ("Ayumodoki"), Cobitis kaibarai ("Ariake-suji-shima-dojyô"), Cobitis magnostriata ("Oogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis matsubarae ("Yamato-shima-dojyô"), Cobitis sp. "yamato" complex Type A ("Yamato-shima-dojyô" (Type A)), Cobitis sakahoko ("Oyodo-shima-dojyô"), Cobitis shikokuensis ("Hina-ishi-dojyô"), Cobitis sp. BIWAE type A ("Oo-shima-dojyô"), Cobitis sp. BIWAE type B ("Nishi-shima-dojyô"), Cobitis sp. BIWAE type C ("Higashi-shima-dojyô"), Cobitis sp. BIWAE type D ("Tosas-shima-dojyô"), Cobitis takatsuensis ("Ishi-dojyô"), Cobitis takenoi ("Tango-suji-shima-dojyô"), Misgurnus sp. (Clade A) ("Kita-dojyô"), Misgurnus anguillicaudatus (Clade B1) ("Dojyô" (Japan clade)), Misgurnus anguillicaudatus (Clade B2) ("Dojyô" (China clade)), Misgurnus anguillicaudatus (jindai) ("Jindai-dojyô"), Misgurnus sp. IR ("Shinobi-dojyô"), Misgurnus sp. OK ("Hyoumon-dojyô"), Misgurnus dabryanus ("Kara-dojyô"), Niwaella delicata ("Ajime-dojyô"), Barbatula oreas ("Fuku-dojyô"), Lefua costata ("Hime-dojyô"), Lefua echigonia ("Hotoke-dojyô"), Lefua nikkonis ("Ezo-hotoke-dojyô"), Lefua sp. 1 ("Nagare-hotoke-dojyô"), Lefua sp. 2 ("Tôkai-nagare-hotoke-dojyô") |
| Subespécie | Cobitis minamorii minamorii ("San'yô-kogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis minamorii oumiensis ("Biwa-kogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis minamorii saninensis ("San'in-kogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis minamorii tokaiensis ("Tôkai-kogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis minamorii yodoensis ("Tôkai-kogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis striata fuchigamii ("Onga-suji-shima-dojyô"), Cobitis striata hakataensis ("Hakata-suji-shima-dojyô"), Cobitis striata striata ("Chûgata-suji-shima-dojyô") |
Cobertura Temporal
| Data Inicial / Data final | 1954-06-06 / 2017-12-15 |
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Dados Sobre o Projeto
Nenhuma descrição disponível
| Título | N/A |
|---|---|
| Financiamento | This work was partially supported by JSPS KAKENHI Grant Number 18HP8029. |
O pessoal envolvido no projeto:
Métodos de Amostragem
The specimens were generally captured by a hand-net in the fields.
| Área de Estudo | Specimens of loaches of Japan were collected from personal collections and museums. |
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Descrição dos passos do método:
- Photo images were taken in the fields by capturing individuals (Kano and Nakajima 2014) and/or by snorkeling. The formalin-fixed specimens were also photographed in the laboratory followed by CT scanning (Aloka Latheta LCT-200, Hitachi, Ltd.). 3D surface (CT value: -400 to -40) and skeletal (CT value: 5 to 200) models were extracted from the CT data. The CT data in raw file format was also stored and available on the web.
Dados de Coleção
| Nome da Coleção | JNC/JNCP (J. Nakajima's personal collection) |
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| Nome da Coleção | KPM (Kanagawa Prefectural Museum of Natural History) |
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| Nome da Coleção | LBM (Lake Biwa Museum) |
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| Nome da Coleção | MPM/MPMQ (Mie Prefectural Museum) |
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| Nome da Coleção | OMNH (Osaka Museum of Natural History) |
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| Nome da Coleção | QUYK (Y. Kano's personal collection) |
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| Nome da Coleção | TKPM (Tokushima Prefectural Museum) |
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| Métodos de preservação do espécime | Formalina |
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Metadados Adicionais
| Identificadores alternativos | 1570db97-7b8d-4f12-9c3b-10c731460ca6 |
|---|---|
| http://ipt.pensoft.net/resource?r=jp_loaches_3dct_models |