Ocorrência

Photo images, 3D models and CT scanned data of loaches (Botiidae, Cobitidae and Nemacheilidae) of Japan

Versão mais recente publicado por Biodiversity Data Journal em 31 de Agosto de 2021 Biodiversity Data Journal
Loach is one of the major cypriniform fishes in freshwater habitats of Japan, being recognized 23 described species/subspecies and 12 undescribed/undecides clades (Nakajima and Uchiyama 2017) (http://ffish.asia/loachesOfJapan). As well as molecular genetic research (Kitagawa et al. 2001a, Kitagawa et al. 2001b, Kitagawa et al. 2003a, Kitagawa et al. 2003b, Kitagawa et al. 2005, Suzawa 2006, Morishima et al. 2008, Saitoh et al. 2010, Kano et al. 2011, Miyazaki et al. 2011, Shimizu et al. 2011, Kano et al. 2012, Nakajima 2012, Nakajima 2016, Nakajima and Suzawa 2016, Nakajima and Uchiyama 2017), morphological examinations are needed for further development of loach study. Digital archiving of fish specimens is one of the progressive challenges in ichthyology for open science (Kanagawa Prefec... Mais
Início:
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Publication date:
31 de Agosto de 2021
License:
CC-BY-NC 4.0

Descrição

Loach is one of the major cypriniform fishes in freshwater habitats of Japan, being recognized 23 described species/subspecies and 12 undescribed/undecides clades (Nakajima and Uchiyama 2017) (http://ffish.asia/loachesOfJapan). As well as molecular genetic research (Kitagawa et al. 2001a, Kitagawa et al. 2001b, Kitagawa et al. 2003a, Kitagawa et al. 2003b, Kitagawa et al. 2005, Suzawa 2006, Morishima et al. 2008, Saitoh et al. 2010, Kano et al. 2011, Miyazaki et al. 2011, Shimizu et al. 2011, Kano et al. 2012, Nakajima 2012, Nakajima 2016, Nakajima and Suzawa 2016, Nakajima and Uchiyama 2017), morphological examinations are needed for further development of loach study. Digital archiving of fish specimens is one of the progressive challenges in ichthyology for open science (Kanagawa Prefectural Museum of Natural History and National Museum of Nature and Science 1998, Berquist et al. 2012, Kano et al. 2013, Kano et al. 2016). This paper aimed to online publish photo images, 3D models and CT scanned data of all the known taxa/clades of loaches inhabiting in Japan (http://ffish.asia/loachesOfJapan3D) for the advances of loach study and ichthyology, and furthermore as a challenge of open science for public interests of biology.

Registros de Dados

Os dados deste recurso de ocorrência foram publicados como um Darwin Core Archive (DwC-A), que é o formato padronizado para compartilhamento de dados de biodiversidade como um conjunto de uma ou mais tabelas de dados. A tabela de dados do núcleo contém 103 registros.

Também existem 1 tabelas de dados de extensão. Um registro de extensão fornece informações adicionais sobre um registro do núcleo. O número de registros em cada tabela de dados de extensão é ilustrado abaixo.

  • Occurrence (core)
    103
  • Multimedia 
    309

This IPT archives the data and thus serves as the data repository. The data and resource metadata are available for download in the downloads section. The versions table lists other versions of the resource that have been made publicly available and allows tracking changes made to the resource over time.

Downloads

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Dados como um arquivo DwC-A download 103 registros em English (14 kB) - Frequência de atualização: irregular
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Versões

A tabela abaixo mostra apenas versões de recursos que são publicamente acessíveis.

Como citar

Pesquisadores deveriam citar esta obra da seguinte maneira:

Kano Y (2021): Photo images, 3D models and CT scanned data of loaches (Botiidae, Cobitidae and Nemacheilidae) of Japan. v1.9. Biodiversity Data Journal. Dataset/Occurrence. http://ipt.pensoft.net/resource?r=jp_loaches_3dct_models&v=1.9

Direitos

Pesquisadores devem respeitar a seguinte declaração de direitos:

O editor e o detentor dos direitos deste trabalho é Biodiversity Data Journal. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

GBIF Registration

Este recurso foi registrado no GBIF e atribuído ao seguinte GBIF UUID: 1570db97-7b8d-4f12-9c3b-10c731460ca6.  Biodiversity Data Journal publica este recurso, e está registrado no GBIF como um publicador de dados aprovado por Participant Node Managers Committee.

Palavras-chave

3D model; Anatomy; Bone; CT scan; Digital archiving; Fish specimen; Freshwater fishes of Japan; GBIF; Holotype; Loach; Morphology; Open science; Paratype; Skeleton; Undescribed species; Inventorythematic

Dados externos

Os dados de recurso também estão disponíveis em outros formatos

loachesOfJapan http://ffish.asia/loachesOfJapan UTF-8 html; jpg
loachesOfJapan3D http://ffish.asia/loachesOfJapan3D UTF-8 html; Wavefront object format (.obj); CT dicom file (.dcm)

Contatos

Quem criou esse recurso:

Yuichi Kano

Quem pode responder a perguntas sobre o recurso:

Yuichi Kano

Quem preencher os metadados:

Yuichi Kano

Quem mais foi associado com o recurso:

Autor
Yuichi Kano
Autor
Jun Nakajima
Autor
Takeshi Yamasaki
Autor
Jyun-ichi Kitamura
Autor
Ryoichi Tabata

Cobertura Geográfica

Inland water habitats of Japan.

Coordenadas delimitadoras Sul Oeste [23, 123], Norte Leste [46, 150]

Cobertura Taxonômica

Nenhuma descrição disponível

Reino  Animalia (Animals)
Filo  Chordata (Chordates)
Subfilo  Craniata (Vertebrat es and hagfishes)
Class  Osteichthyes (Bony fishes and tetrapods)
Ordem  Cypriniformes (Carps, loaches, minnows and relatives)
Família  Botiidae (Botiid loach),  Cobitidae (True loaches),  Nemacheilidae (Stone loaches)
Espécie  Parabotia curtus ("Ayumodoki"),  Cobitis kaibarai ("Ariake-suji-shima-dojyô"),  Cobitis magnostriata ("Oogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis matsubarae ("Yamato-shima-dojyô"),  Cobitis sp. "yamato" complex Type A ("Yamato-shima-dojyô" (Type A)),  Cobitis sakahoko ("Oyodo-shima-dojyô"),  Cobitis shikokuensis ("Hina-ishi-dojyô"),  Cobitis sp. BIWAE type A ("Oo-shima-dojyô"),  Cobitis sp. BIWAE type B ("Nishi-shima-dojyô"),  Cobitis sp. BIWAE type C ("Higashi-shima-dojyô"),  Cobitis sp. BIWAE type D ("Tosas-shima-dojyô"),  Cobitis takatsuensis ("Ishi-dojyô"),  Cobitis takenoi ("Tango-suji-shima-dojyô"),  Misgurnus sp. (Clade A) ("Kita-dojyô"),  Misgurnus anguillicaudatus (Clade B1) ("Dojyô" (Japan clade)),  Misgurnus anguillicaudatus (Clade B2) ("Dojyô" (China clade)),  Misgurnus anguillicaudatus (jindai) ("Jindai-dojyô"),  Misgurnus sp. IR ("Shinobi-dojyô"),  Misgurnus sp. OK ("Hyoumon-dojyô"),  Misgurnus dabryanus ("Kara-dojyô"),  Niwaella delicata ("Ajime-dojyô"),  Barbatula oreas ("Fuku-dojyô"),  Lefua costata ("Hime-dojyô"),  Lefua echigonia ("Hotoke-dojyô"),  Lefua nikkonis ("Ezo-hotoke-dojyô"),  Lefua sp. 1 ("Nagare-hotoke-dojyô"),  Lefua sp. 2 ("Tôkai-nagare-hotoke-dojyô")
Subespécie  Cobitis minamorii minamorii ("San'yô-kogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis minamorii oumiensis ("Biwa-kogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis minamorii saninensis ("San'in-kogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis minamorii tokaiensis ("Tôkai-kogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis minamorii yodoensis ("Tôkai-kogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis striata fuchigamii ("Onga-suji-shima-dojyô"),  Cobitis striata hakataensis ("Hakata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis striata striata ("Chûgata-suji-shima-dojyô")

Cobertura Temporal

Data Inicial / Data final 1954-06-06 / 2017-12-15

Dados Sobre o Projeto

Nenhuma descrição disponível

Título N/A
Financiamento This work was partially supported by JSPS KAKENHI Grant Number 18HP8029.

O pessoal envolvido no projeto:

Métodos de Amostragem

The specimens were generally captured by a hand-net in the fields.

Área de Estudo Specimens of loaches of Japan were collected from personal collections and museums.

Descrição dos passos do método:

  1. Photo images were taken in the fields by capturing individuals (Kano and Nakajima 2014) and/or by snorkeling. The formalin-fixed specimens were also photographed in the laboratory followed by CT scanning (Aloka Latheta LCT-200, Hitachi, Ltd.). 3D surface (CT value: -400 to -40) and skeletal (CT value: 5 to 200) models were extracted from the CT data. The CT data in raw file format was also stored and available on the web.

Dados de Coleção

Nome da Coleção JNC/JNCP (J. Nakajima's personal collection)
Nome da Coleção KPM (Kanagawa Prefectural Museum of Natural History)
Nome da Coleção LBM (Lake Biwa Museum)
Nome da Coleção MPM/MPMQ (Mie Prefectural Museum)
Nome da Coleção OMNH (Osaka Museum of Natural History)
Nome da Coleção QUYK (Y. Kano's personal collection)
Nome da Coleção TKPM (Tokushima Prefectural Museum)
Métodos de preservação do espécime Formalina

Metadados Adicionais

Identificadores alternativos 1570db97-7b8d-4f12-9c3b-10c731460ca6
http://ipt.pensoft.net/resource?r=jp_loaches_3dct_models