Photo images, 3D/CT data and mtDNA of the freshwater mussels (Bivalvia: Unionidae) in the Kyushu and Ryukyu Islands, Japan, with SEM/EDS analysis of the shell
Последняя версия опубликована Biodiversity Data Journal 31 августа 2021 г. Biodiversity Data Journal

Photo images, 3D/CT data, mtDNA data, SEM images, and EDS elemental analysis of freshwater mussels that inhabit the Kyushu and Ryukyu Islands (61 individuals, nine species/subspecies) were published online in a local database (http://ffish.asia/Unionidae3D), GBIF (http://ipt.pensoft.net/resource?r=unionidae3d) and DDBJ/EMBL/Genbank (LC431810–LC431840).

Домой GBIF DwC-A EML RTF Версии Права Процитируйте это
Записи данных

Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 61 записей.

Также в наличии 1 таблиц с данными расширений. Записи расширений содержат дополнительную информацию об основной записи. Число записей в каждой таблице данных расширения показано ниже.

  • Occurrence (core)
    61
  • Multimedia 
    183

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем (репозиторием) данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. Перечень версий служит для отображения истории публикации версий данного ресурса.

Загрузки

Скачайте последнюю версию данных этого ресурса в формате Darwin Core Archive (DwC-A) или метаданных ресурса в форматах EML или RTF:

Данные в формате DwC-A Скачать 61 Записи в English (9 kB) - Частота обновления: unknown
Метаданные в формате EML Скачать в English (17 kB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (12 kB)
Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Photo images, 3D/CT data and mtDNA of the freshwater mussels (Bivalvia: Unionidae) in the Kyushu and Ryukyu Islands, Japan, with SEM/EDS analysis of the shell

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является Biodiversity Data Journal. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 6a6ba4bc-194e-47e0-a5d0-00d83b57109d.  Biodiversity Data Journal отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Participant Node Managers Committee.

Ключевые слова

3D model; Anatomy; CT scan; Digital archiving; Elemental composition; Energy dispersive X-ray spectrometry (EDS); Freshwater mussels; Morphology; Open science; Scanning electron microscope (SEM); Shell exoskeleton;; Specimen

Контакты

Кто является создателем ресурса:

Yuichi Kano
Associate Professor
Kyushu University
WEST2-1008, Kyushu University
8190395 Fukuoka-shi
Fukuoka
JP
http://ffish.asia

Кто может ответить на вопросы о ресурсе:

Yuichi Kano
Associate Professor
Kyushu University
WEST2-1008, Kyushu University
8190395 Fukuoka-shi
Fukuoka
JP
http://ffish.asia

Кем заполнены метаданные:

Yuichi Kano
Associate Professor
Kyushu University
WEST2-1008, Kyushu University
8190395 Fukuoka-shi
Fukuoka
JP
http://ffish.asia

Кто еще связан с данным ресурсом:

Author
Yuichi Kano
Associate professor
Kyushu University
WEST2-1008, Kyushu University
8190395 Fukuoka-shi
Fukuoka
JP
http://ffish.asia
Author
Yoshihisa Kurita
Assistant professor
Kyushu University
Fukuoka
JP
Author
Kazuki Kanno
Doctoral course
Kyushu University
Fukuoka
JP
Author
Kengo Saito
Doctoral course
Kyushu University
Fukuoka
JP
Author
Hironori Hayashi
Assistant professor
Kyushu University
Fukuoka
JP
Author
Norio Onikura
Associate professor
Kyushu University
Fukuoka
JP
Author
Takeshi Yamasaki
General manager
Yamashina Institute for Ornithology, Japan
Chiba
JP
Географический охват

Freshwater habitats of Kyushu and Ryukyu Islands, Japan.

Ограничивающие координаты Юг Запад [24,4, 124,2], Север Восток [33,8, 131,2]
Таксономический охват

All freshwater mussels (family Unionidae) distributed in the Kyushu and Ryukyu Islands were studied except Anemina arcaeformis, Hyriopsis schlegelii, and Sinanodonta sp. A shell exoskeleton that was photographically identified as A. arcaeformis was reported from Miyazaki Prefecture, Kyushu Island (Toayama and Nishi 2016), although all other details remain unclear. Hyriopsis schlegelii individuals were artificially introduced to Isahaya Bay for water purification (Ishizaki et al. 2007), even though H. schlegelii is non-native to Kyushu Island. Sinanodonta sp. (or spp.) populations were informally reported from the Ryukyu Islands, but some of the populations were likely introduced from Taiwan (Shokita 1984, Kurozumi 2003, Imai 2008).

Kingdom  Animalia (Animals)
Phylum  Mollusca (Molluscs)
Class  Bivalvia (Bivalves)
Order  Unionoida (Freshwater mussels and pearl mussels)
Family  Unionidae (Freshwater mussels)
Species  Cristaria tenuis ("Dobu-gai-modoki"),  Inversidens brandti ("Obaeboshi-gai"),  Inversiunio yanagawensis ("Nise-matsukasa-gai"),  Lanceolaria grayana ("Tongari-sasanoha-gai"),  Obovalis omiensis ("Kataha-gai"),  Pronodularia japanensis ("Matsukasa-gai"),  Sinanodonta lauta ("Numa-gai"),  Sinanodonta japonica ("Ta-gai")
Subspecies  Nodularia douglasiae nipponensis ("Ishi-gai")
Временной охват
Дата начала / Дата окончания 2013-12-21 / 2018-06-29
Методы сбора

Sampling sites of the nine freshwater mussel species in the Kyushu and Ryukyu Islands. The number attached to each circle indicates the number of individuals.

Охват исследования Freshwater mussels were collected in the wild of the Kyushu and Ryukyu Islands, Japan.
Контроль качества Identification followed Masuda and Uchiyama (2004), Kondo (2008) and Sano et al. (2017).

Описание этапа методики:

  1. Individual photo images were taken in the field (Kano and Nakajima 2014). The specimens were fixed in 10% formalin followed by preservation in 70% ethanol. A small segment of the soft body was cut off and separately preserved in 99% ethanol for mtDNA analysis. All specimens were CT scanned (Aloka Latheta LCT-200, Hitachi Ltd., Japan), and 3D surface models (CT value: −450 to 600) were extracted from the CT data. mtDNA analysis of 16S-rRNA was conducted for 31 individuals. For PCR amplification, we used the primer pair Unio16SFwd (forward: 5′-TGCCTGTTTACCAAAAACATCG-3′) and Unio16SRev (reverse: 5′-CTTGGGGTCCTTTCGTACA-3′). PCR amplification was performed in 10-µL reaction mixtures that contained 5 µL KAPA 2G™ Robust HotStart ReadyMix (Kapa Biosystems, USA), 1 µM of each primer, 1 µL DNA template, and 2 µL sterile deionised water. The reaction mixtures were preheated at 95°C for 3 min, followed by 30 amplification cycles (95°C for 15 s, 50°C for 15 s, and 72°C for 40 s) with a final 5-min extension at 72°C. Direct sequencing of the PCR products was conducted externally (FASMAC, Japan). The nucleotide sequences were deposited in DDBJ/EMBL/GenBank (accession numbers: LC431810–LC431840). The SEM/EDS analysis was conducted for 29 individuals. A shell fragment was cut off from each specimen (from the posterior part of the shell), and the inner side of the shell was analysed by SEM (JCM-6000, JEOL Ltd., Japan) to observe the microscopic images of the pearled surface. Furthermore, EDS analysis (JED-2300, JEOL Ltd.) was conducted to determine the elemental composition of the shell fragment by targeting B, C, N, O, F, Na, Mg, Al, Si, P, S, Cl, K and Ca.
Дополнительные метаданные
Альтернативные идентификаторы 6a6ba4bc-194e-47e0-a5d0-00d83b57109d
http://ipt.pensoft.net/resource?r=unionidae3d