Photo images, 3D models and CT scanned data of loaches (Botiidae, Cobitidae and Nemacheilidae) of Japan
Loach is one of the major cypriniform fishes in freshwater habitats of Japan, being recognized 23 described species/subspecies and 12 undescribed/undecides clades (Nakajima and Uchiyama 2017) (http://ffish.asia/loachesOfJapan). As well as molecular genetic research (Kitagawa et al. 2001a, Kitagawa et al. 2001b, Kitagawa et al. 2003a, Kitagawa et al. 2003b, Kitagawa et al. 2005, Suzawa 2006, Morishima et al. 2008, Saitoh et al. 2010, Kano et al. 2011, Miyazaki et al. 2011, Shimizu et al. 2011, Kano et al. 2012, Nakajima 2012, Nakajima 2016, Nakajima and Suzawa 2016, Nakajima and Uchiyama 2017), morphological examinations are needed for further development of loach study. Digital archiving of fish specimens is one of the progressive challenges in ichthyology for open science (Kanagawa Prefectural Museum of Natural History and National Museum of Nature and Science 1998, Berquist et al. 2012, Kano et al. 2013, Kano et al. 2016). This paper aimed to online publish photo images, 3D models and CT scanned data of all the known taxa/clades of loaches inhabiting in Japan (http://ffish.asia/loachesOfJapan3D) for the advances of loach study and ichthyology, and furthermore as a challenge of open science for public interests of biology.
Enregistrements de données
Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 103 enregistrements.
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- Occurrence (noyau)
- Multimedia
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Téléchargements
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|---|---|
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| Métadonnées sous forme de fichier RTF | télécharger dans Anglais (16 kB) |
Versions
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Comment citer
Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:
Kano Y (2021): Photo images, 3D models and CT scanned data of loaches (Botiidae, Cobitidae and Nemacheilidae) of Japan. v1.9. Biodiversity Data Journal. Dataset/Occurrence. http://ipt.pensoft.net/resource?r=jp_loaches_3dct_models&v=1.9
Droits
Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:
L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est Biodiversity Data Journal. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.
Enregistrement GBIF
Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 1570db97-7b8d-4f12-9c3b-10c731460ca6. Biodiversity Data Journal publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du Participant Node Managers Committee.
Mots-clé
3D model; Anatomy; Bone; CT scan; Digital archiving; Fish specimen; Freshwater fishes of Japan; GBIF; Holotype; Loach; Morphology; Open science; Paratype; Skeleton; Undescribed species; Inventorythematic
Données externes
Les données de la ressource sont disponibles dans d'autres formats
| loachesOfJapan | http://ffish.asia/loachesOfJapan UTF-8 html; jpg |
|---|---|
| loachesOfJapan3D | http://ffish.asia/loachesOfJapan3D UTF-8 html; Wavefront object format (.obj); CT dicom file (.dcm) |
Contacts
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Couverture géographique
Inland water habitats of Japan.
| Enveloppe géographique | Sud Ouest [23, 123], Nord Est [46, 150] |
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Couverture taxonomique
Pas de description disponible
| Kingdom | Animalia (Animals) |
|---|---|
| Phylum | Chordata (Chordates) |
| Subphylum | Craniata (Vertebrat es and hagfishes) |
| Class | Osteichthyes (Bony fishes and tetrapods) |
| Order | Cypriniformes (Carps, loaches, minnows and relatives) |
| Family | Botiidae (Botiid loach), Cobitidae (True loaches), Nemacheilidae (Stone loaches) |
| Species | Parabotia curtus ("Ayumodoki"), Cobitis kaibarai ("Ariake-suji-shima-dojyô"), Cobitis magnostriata ("Oogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis matsubarae ("Yamato-shima-dojyô"), Cobitis sp. "yamato" complex Type A ("Yamato-shima-dojyô" (Type A)), Cobitis sakahoko ("Oyodo-shima-dojyô"), Cobitis shikokuensis ("Hina-ishi-dojyô"), Cobitis sp. BIWAE type A ("Oo-shima-dojyô"), Cobitis sp. BIWAE type B ("Nishi-shima-dojyô"), Cobitis sp. BIWAE type C ("Higashi-shima-dojyô"), Cobitis sp. BIWAE type D ("Tosas-shima-dojyô"), Cobitis takatsuensis ("Ishi-dojyô"), Cobitis takenoi ("Tango-suji-shima-dojyô"), Misgurnus sp. (Clade A) ("Kita-dojyô"), Misgurnus anguillicaudatus (Clade B1) ("Dojyô" (Japan clade)), Misgurnus anguillicaudatus (Clade B2) ("Dojyô" (China clade)), Misgurnus anguillicaudatus (jindai) ("Jindai-dojyô"), Misgurnus sp. IR ("Shinobi-dojyô"), Misgurnus sp. OK ("Hyoumon-dojyô"), Misgurnus dabryanus ("Kara-dojyô"), Niwaella delicata ("Ajime-dojyô"), Barbatula oreas ("Fuku-dojyô"), Lefua costata ("Hime-dojyô"), Lefua echigonia ("Hotoke-dojyô"), Lefua nikkonis ("Ezo-hotoke-dojyô"), Lefua sp. 1 ("Nagare-hotoke-dojyô"), Lefua sp. 2 ("Tôkai-nagare-hotoke-dojyô") |
| Subspecies | Cobitis minamorii minamorii ("San'yô-kogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis minamorii oumiensis ("Biwa-kogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis minamorii saninensis ("San'in-kogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis minamorii tokaiensis ("Tôkai-kogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis minamorii yodoensis ("Tôkai-kogata-suji-shima-dojyô"), Cobitis striata fuchigamii ("Onga-suji-shima-dojyô"), Cobitis striata hakataensis ("Hakata-suji-shima-dojyô"), Cobitis striata striata ("Chûgata-suji-shima-dojyô") |
Couverture temporelle
| Date de début / Date de fin | 1954-06-06 / 2017-12-15 |
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Données sur le projet
Pas de description disponible
| Titre | N/A |
|---|---|
| Financement | This work was partially supported by JSPS KAKENHI Grant Number 18HP8029. |
Les personnes impliquées dans le projet:
Méthodes d'échantillonnage
The specimens were generally captured by a hand-net in the fields.
| Etendue de l'étude | Specimens of loaches of Japan were collected from personal collections and museums. |
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Description des étapes de la méthode:
- Photo images were taken in the fields by capturing individuals (Kano and Nakajima 2014) and/or by snorkeling. The formalin-fixed specimens were also photographed in the laboratory followed by CT scanning (Aloka Latheta LCT-200, Hitachi, Ltd.). 3D surface (CT value: -400 to -40) and skeletal (CT value: 5 to 200) models were extracted from the CT data. The CT data in raw file format was also stored and available on the web.
Données de collection
| Nom de la collection | JNC/JNCP (J. Nakajima's personal collection) |
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| Nom de la collection | KPM (Kanagawa Prefectural Museum of Natural History) |
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| Nom de la collection | LBM (Lake Biwa Museum) |
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| Nom de la collection | MPM/MPMQ (Mie Prefectural Museum) |
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| Nom de la collection | OMNH (Osaka Museum of Natural History) |
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| Nom de la collection | QUYK (Y. Kano's personal collection) |
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| Nom de la collection | TKPM (Tokushima Prefectural Museum) |
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| Méthode de conservation des spécimens | Formalin |
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Métadonnées additionnelles
| Identifiants alternatifs | 1570db97-7b8d-4f12-9c3b-10c731460ca6 |
|---|---|
| http://ipt.pensoft.net/resource?r=jp_loaches_3dct_models |