Photo images, 3D models and CT scanned data of loaches (Botiidae, Cobitidae and Nemacheilidae) of Japan
Последняя версия опубликована Biodiversity Data Journal 31 августа 2021 г. Biodiversity Data Journal

Loach is one of the major cypriniform fishes in freshwater habitats of Japan, being recognized 23 described species/subspecies and 12 undescribed/undecides clades (Nakajima and Uchiyama 2017) (http://ffish.asia/loachesOfJapan). As well as molecular genetic research (Kitagawa et al. 2001a, Kitagawa et al. 2001b, Kitagawa et al. 2003a, Kitagawa et al. 2003b, Kitagawa et al. 2005, Suzawa 2006, Morishima et al. 2008, Saitoh et al. 2010, Kano et al. 2011, Miyazaki et al. 2011, Shimizu et al. 2011, Kano et al. 2012, Nakajima 2012, Nakajima 2016, Nakajima and Suzawa 2016, Nakajima and Uchiyama 2017), morphological examinations are needed for further development of loach study. Digital archiving of fish specimens is one of the progressive challenges in ichthyology for open science (Kanagawa Prefectural Museum of Natural History and National Museum of Nature and Science 1998, Berquist et al. 2012, Kano et al. 2013, Kano et al. 2016). This paper aimed to online publish photo images, 3D models and CT scanned data of all the known taxa/clades of loaches inhabiting in Japan (http://ffish.asia/loachesOfJapan3D) for the advances of loach study and ichthyology, and furthermore as a challenge of open science for public interests of biology.

Домой GBIF DwC-A EML RTF Версии Права Процитируйте это
Записи данных

Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 103 записей.

Также в наличии 1 таблиц с данными расширений. Записи расширений содержат дополнительную информацию об основной записи. Число записей в каждой таблице данных расширения показано ниже.

  • Occurrence (core)
    103
  • Multimedia 
    309

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем (репозиторием) данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. Перечень версий служит для отображения истории публикации версий данного ресурса.

Загрузки

Скачайте последнюю версию данных этого ресурса в формате Darwin Core Archive (DwC-A) или метаданных ресурса в форматах EML или RTF:

Данные в формате DwC-A Скачать 103 Записи в English (14 kB) - Частота обновления: irregular
Метаданные в формате EML Скачать в English (26 kB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (16 kB)
Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Kano Y (2021): Photo images, 3D models and CT scanned data of loaches (Botiidae, Cobitidae and Nemacheilidae) of Japan. v1.9. Biodiversity Data Journal. Dataset/Occurrence. http://ipt.pensoft.net/resource?r=jp_loaches_3dct_models&v=1.9

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является Biodiversity Data Journal. This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License.

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 1570db97-7b8d-4f12-9c3b-10c731460ca6.  Biodiversity Data Journal отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Participant Node Managers Committee.

Ключевые слова

3D model; Anatomy; Bone; CT scan; Digital archiving; Fish specimen; Freshwater fishes of Japan; GBIF; Holotype; Loach; Morphology; Open science; Paratype; Skeleton; Undescribed species; Inventorythematic

Внешние данные

Ресурс также доступен в других форматах

loachesOfJapan http://ffish.asia/loachesOfJapan UTF-8 html; jpg
loachesOfJapan3D http://ffish.asia/loachesOfJapan3D UTF-8 html; Wavefront object format (.obj); CT dicom file (.dcm)
Контакты

Кто является создателем ресурса:

Yuichi Kano
Associate Professor
Kyushu University
744 Motooka, Nishi-ku
8190395 Fukuoka-shi
Fukuoka
JP
http://fish.asia

Кто может ответить на вопросы о ресурсе:

Yuichi Kano
Associate Professor
Kyushu University
744 Motooka, Nishi-ku
8190395 Fukuoka-shi
Fukuoka
JP
http://fish.asia

Кем заполнены метаданные:

Yuichi Kano
Associate Professor
Kyushu University
744 Motooka, Nishi-ku
8190395 Fukuoka-shi
Fukuoka
JP
http://fish.asia

Кто еще связан с данным ресурсом:

Author
Yuichi Kano
Associate Professor
Kyushu University
744 Motooka, Nishi-ku
8190395 Fukuoka-shi
Fukuoka
JP
http://fish.asia
Author
Jun Nakajima
Research Worker
Fukuoka Institute of Health and Environmental Sciences
39 Mukaizano
8180135 Dazaifu
Fukuoka
JP
Author
Takeshi Yamasaki
Laboratory Chief
Yamashina Institute for Ornithology, Japan
115 Konoyama
2701145 Abiko-shi
Chiba
JP
Author
Jyun-ichi Kitamura
Curator
Mie Prefectural Museum
3060 Isshinden-kōzubeta
5140061 Tsu-shi
Mie
JP
Author
Ryoichi Tabata
Curator
Lake Biwa Museum
1091 Oroshimocho
5250001 Kusatsu
Shiga
JP
Географический охват

Inland water habitats of Japan.

Ограничивающие координаты Юг Запад [23, 123], Север Восток [46, 150]
Таксономический охват

Описание отсутсвует

Kingdom  Animalia (Animals)
Phylum  Chordata (Chordates)
Subphylum  Craniata (Vertebrat es and hagfishes)
Class  Osteichthyes (Bony fishes and tetrapods)
Order  Cypriniformes (Carps, loaches, minnows and relatives)
Family  Botiidae (Botiid loach),  Cobitidae (True loaches),  Nemacheilidae (Stone loaches)
Species  Parabotia curtus ("Ayumodoki"),  Cobitis kaibarai ("Ariake-suji-shima-dojyô"),  Cobitis magnostriata ("Oogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis matsubarae ("Yamato-shima-dojyô"),  Cobitis sp. "yamato" complex Type A ("Yamato-shima-dojyô" (Type A)),  Cobitis sakahoko ("Oyodo-shima-dojyô"),  Cobitis shikokuensis ("Hina-ishi-dojyô"),  Cobitis sp. BIWAE type A ("Oo-shima-dojyô"),  Cobitis sp. BIWAE type B ("Nishi-shima-dojyô"),  Cobitis sp. BIWAE type C ("Higashi-shima-dojyô"),  Cobitis sp. BIWAE type D ("Tosas-shima-dojyô"),  Cobitis takatsuensis ("Ishi-dojyô"),  Cobitis takenoi ("Tango-suji-shima-dojyô"),  Misgurnus sp. (Clade A) ("Kita-dojyô"),  Misgurnus anguillicaudatus (Clade B1) ("Dojyô" (Japan clade)),  Misgurnus anguillicaudatus (Clade B2) ("Dojyô" (China clade)),  Misgurnus anguillicaudatus (jindai) ("Jindai-dojyô"),  Misgurnus sp. IR ("Shinobi-dojyô"),  Misgurnus sp. OK ("Hyoumon-dojyô"),  Misgurnus dabryanus ("Kara-dojyô"),  Niwaella delicata ("Ajime-dojyô"),  Barbatula oreas ("Fuku-dojyô"),  Lefua costata ("Hime-dojyô"),  Lefua echigonia ("Hotoke-dojyô"),  Lefua nikkonis ("Ezo-hotoke-dojyô"),  Lefua sp. 1 ("Nagare-hotoke-dojyô"),  Lefua sp. 2 ("Tôkai-nagare-hotoke-dojyô")
Subspecies  Cobitis minamorii minamorii ("San'yô-kogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis minamorii oumiensis ("Biwa-kogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis minamorii saninensis ("San'in-kogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis minamorii tokaiensis ("Tôkai-kogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis minamorii yodoensis ("Tôkai-kogata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis striata fuchigamii ("Onga-suji-shima-dojyô"),  Cobitis striata hakataensis ("Hakata-suji-shima-dojyô"),  Cobitis striata striata ("Chûgata-suji-shima-dojyô")
Временной охват
Дата начала / Дата окончания 1954-06-06 / 2017-12-15
Данные проекта

Описание отсутсвует

Название N/A
Финансирование This work was partially supported by JSPS KAKENHI Grant Number 18HP8029.

Исполнители проекта:

Методы сбора

The specimens were generally captured by a hand-net in the fields.

Охват исследования Specimens of loaches of Japan were collected from personal collections and museums.

Описание этапа методики:

  1. Photo images were taken in the fields by capturing individuals (Kano and Nakajima 2014) and/or by snorkeling. The formalin-fixed specimens were also photographed in the laboratory followed by CT scanning (Aloka Latheta LCT-200, Hitachi, Ltd.). 3D surface (CT value: -400 to -40) and skeletal (CT value: 5 to 200) models were extracted from the CT data. The CT data in raw file format was also stored and available on the web.
Данные коллекции
Название коллекции JNC/JNCP (J. Nakajima's personal collection)
Название коллекции KPM (Kanagawa Prefectural Museum of Natural History)
Название коллекции LBM (Lake Biwa Museum)
Название коллекции MPM/MPMQ (Mie Prefectural Museum)
Название коллекции OMNH (Osaka Museum of Natural History)
Название коллекции QUYK (Y. Kano's personal collection)
Название коллекции TKPM (Tokushima Prefectural Museum)
Методы сохранения образцов Formalin
Дополнительные метаданные
Альтернативные идентификаторы 1570db97-7b8d-4f12-9c3b-10c731460ca6
http://ipt.pensoft.net/resource?r=jp_loaches_3dct_models